在决定进行第三代试管婴儿之前，夫妻双方通常需要进行一系列的初步检查和咨询。这一步骤旨在评估双方的身体状况，确定是否存在遗传疾病风险，并制定个性化的治疗方案。初步咨询与评估可能需要12周的时间，具体取决于医院的工作流程和个人情况。
一旦完成初步评估并确定适合进行第三代试管婴儿，女性将开始接受药物促排卵治疗。这一阶段的目标是促进卵巢产生多个成熟卵子，以提高成功几率。促排卵过程通常持续1014天，期间医生会定期监测卵泡发育情况，调整药物剂量。当卵泡达到适宜大小时，将在医院进行取卵手术，并且男性伴侣提特需液样本。取卵手术通常是一个小手术，可在局部麻醉下完成，整个过程大约需要30分钟至1小时。取卵后，实验室工作人员将立即处理卵子和精子，准备受精。
受精后的胚胎将在实验室中培养35天，直到达到囊胚阶段。此时，实验室技术人员会从每个囊胚中取出少量细胞，进行遗传学检测，以筛查染色体异常或特定遗传病。遗传学检测可能需要710天才能得到结果。根据遗传学检测的结果，医生会选择最健康的胚胎进行移植。移植过程相对简单，不需要麻醉，整个过程大约需要1020分钟。移植后，患者通常需要休息几天，避免剧烈运动。胚胎移植后约1014天，可以通过血液或尿液检测HCG水平来确认是否怀孕。
如果测试结果为阳性，则需要进一步的产前检查和护理。