可自从试管婴儿诞生之日起，就受到了很多声音的质疑，因为它是在医学和伦理学方面都需要考量的一件事情。医学上可以实现，却伦理上是有被道德标准的，这也是试管婴儿，现在需要面临的一项重要挑战。英国反堕胎组织发表声明说，政府为“设计婴儿”开绿灯，等于打开“潘多拉魔盒”;根据人工授精与胚胎管理局的决定，今后人们完全可以为制造骨髓而将“他”或“她”有意地制造出来。难道人们可以为拯救一个生命而有意地制造并杀死进一步一个生命吗。
宗教界人士指出，用这种方法人为地制造一个用来生产“零部件”的婴儿，无异于将制造出的婴儿当成“商品”，这是向危险的方向迈出的一步。另外补充，他们对抛弃治疗过程中培育的不合适胚胎表示愤怒，认为这有损生命尊严。西方媒体亦渲染：胚胎可以设计，婴儿可以定，人类已经到了可以随意设计和改造的阶段，这将造成父母挑选下一代人格特征的行为。第二代试管婴儿本来就是选择好的精子，它会对精子进行过滤然后择优选择，这不仅仅是为了优生优育，也有提高试管婴儿的成功率作用。
许多人在打算做第二代试管婴儿技术之前想要先确定婴儿的性别，但其实该技术是无法达到，而且在国内也不允许父母选择婴儿的性别。